COLLECTION,TRANSPORT,AND COLLECTION TRANSPORT AND EXAMINATION OF SPECIMENS
Departemen Mikrobiologi Fakultas Kedokteran USU Medan
Untuk keberhasilan mengisolasi patogen dari
spesimen i kli klinik, ik mesti ti di dipertimbangkan ti b k 4 point i t Type of specimen Time of collection Collection techniques Time and method of its transportation to the laboratory
Spesimen untuk kultur & Pewarnaan Gram dapat diambil dari spesimen : Cerebro Spinal p Fluid ((cairan tubuh yyang g steril))
(cytospin) Mata Purulent discharge Sputum atau aspirasi transtracheal Semua spesimen operasi Jaringan Urethral exudates (male only, intracellular gonococcus)) Vaginal specimens Luka
Type of Specimen Bergantung kepada patogen yang akan
diisolasi, spesimen yang diambil mestilah merupakan representatif dari infeksi atau penyakitnya , misalnya :
Untuk mengisolasi N.gonorrhoeae, spesimen yang diambil adalah endocervical swab bukan vaginal swab Untuk mengisolasi patogen dari saluran pernapasan, spesimen yang diambil adalah dahak (sputum) bukan air ludah (saliva)
Type of Specimen Darah Volume darah yang diperlukan untuk pemeriksaan bakteriologik adalah 10 ml (dewasa), 2-5 ml (anakanak) 1-2 ml (bayi) anak),
Usap/Swab p Nasofaring g & Tenggorok gg Dilakukan 2 kali pengambilan usap nasofaring & usap tenggorok, satu untuk pemeriksaan mikroskopis dan yang lain untuk biakan/kultur
Type of Specimen Nanah atau cairan : Mengambil dengan spuit steril, taruh dalam tabung steril. Bersegel dan antar ke Lab. Abses – abses yang milier harus dibuka dengan skalpel ujung tajam steril untuk mengeluarkan nanah
Kulit (untuk pemeriksaan jamur) Dipilih dari bagian yang aktif yaitu daerah pinggir. Terlebih dahulu dibersihkan dengan g alkohol 70% lalu dikerok dgn skalpel sehingga memperoleh skuama yang cukup
Time of Collection : Urin p paling g baik diambil p pada p pagi g hari ((urin p pagi g
pertama),segera setelah pasien bangun tidur, sebaiknya sebelum pemberian antimikroba Sputum S t terbaik b ik adalah d l h sputum pertama yang dibatukkan pada pagi hari, namun sputum yang diambil sewaktu juga cukup refresentatif refresentatif. Spesimen darah paling baik diambil sewaktu pasien demam tinggi (sesaat sebelum temperatur mencapai puncak),sedapat mungkin sebelum pemberian antimikroba, dianjurkan pengambilan sebanyak 3 kali dengan selang waktu 1 jam
Time of Collection : Spesimen p tinja j dapat p diambil setiap p
saat,terutama pada stadium dini ketika bakteri dalam jumlah terbanyak. Usap U ttenggorok/nasofaring k/ f i bi dil bisa dilakukan k k setiap saat, terutama pada fase akut, sebaiknya sebelum pemberian antimikroba Eksudat/pus dapat diambil setiap saat, sebaiknya sebelum pemberian antimikroba Cairan otak dapat diambil setiap saat, sebaiknya sebelum pemberian antimikroba
Collection techniques: q Teknik yang dipakai hendaklah dapat menjamin bahwa spesimen klinik yng diambil mengandung organisme - organisme yang diduga sebagai penyebab infeksinya 2. Hindari terkontaminasinya spesimen sewaktu pengambilan atau sewaktu dikirim (transportasi) ke Laboraturium. 1 1.
Collection techniques q 3 3.
Aseptic procedures proced res adalah penting sekali sewaktu pengambilan spesimen dari bagian tubuh yang steril steril, misalnya : 1. Darah 2. Cairan spinal 3. Pleural effusions
4.
Hindari terkontaminasinya discharge atau ulkus dengan normal microbiota di kulit kulit.
Collection techniques q 5 5.
Wadah (bejana, container) untuk pengumpulan spesimen mestilah : 1. 2. 3. 4.
6.
Bersih Steril Tidak bocor ( leak-proof) Bebas dari sisa-sisa desinfektans
Wadah (bejana, container) supaya tidak mudah pecah, sebaiknya dibuat dari autoclavable plastics yang tidak mudah bocor.
Collection techniques Beri p petunjuk j tertulis kalau p pasien sendiri yang akan mengambil spesimen-nya. Misalnya jika spesimen air kemih yang akan diambil,beritahu caranya kepada pasien:clean catch,midstream specimen. 8 Jika 8. Jik yang di diambil bil adalah d l h pus (nanah) ( h) d darii luka, mesti dijelaskan jenis luka tersebut : 7.
1 1. 2. 3. 4.
Luka bakar Luka digigit anjing, dicakar kucing Luka infeksi p pasca bedah Luka tergores kayu , duri, kawat
Collection techniques 9 Pengiriman spesimen disertai dengan surat 9.
pengantar/formulir permintaan pemeriksaan laboraturium 10. Wadah spesimen diberi label yang memuat tanggal pengambilan spesimen, identitas pasien,jenis spesimen
Collection techniques DARAH
- Lokasi pengambilan darah adalah pada lipat siku, pilih vena yang paling jelas dan besar ( (vena mediana di cubiti), bi i) untuk kb bayii d dapat diambil pada vena sekitar mata kaki - Volume darah yang diambil : dewasa 10 ml ml, anak-anak 2-5 ml, bayi 1-2 ml aa d dimasukkan asu a ke e da dalam a boto botol media ed a : - Darah a. untuk biakan aerob & Haemophillus g media BHI broth digunakan
Collection techniques b. Untuk biakan anaerob digunakan media Thioglicolate broth Apabila botol media tidak memungkinkan karena jarak yang jauh, maka darah dimasukkan ke dalam botol/tabung g yyang g berisi antikoagulan Sodium Polyanethol Sulfonate (SPS) dengan perbandingan 0,5 ml stokk SPS dalam d l 5 mll d darah h
Collection techniques SPUTUM - digunakan wadah steril bermulut lebar yang tahan bocor dan bertutup ulir dengan volume minimal 25 ml - Persiapan pasien : diberi penjelasan perbedaan sputum dengan ludah, bila pasien kesulitan mengeluarkan sputum (sputum sedikit) pada malam hari sebelumnya disuruh minum teh manis atau diberi obat b t pengeluar l dahak d h k (ekspektoran) ( k kt ) - Caranya pasien diminta untuk menarik nafas dalam, 2-3 kali kemudian keluarkan nafas dengan batuk yang kuat k t dan d berulang b l kkalili sampaii sputum t kkeluar l - Sputum yang berkualitas baik akan tampak kental purulen dengan volume cukup 3-5 ml
Collection techniques URIN
Jenis spesimen urin untuk pemeriksaan mikrobiologi g : 1. Urin porsi tengah (midstream) 2 Urin kateter (yang telah terpasang) 2. 3. Urin aspirasi suprapubik
Collection techniques 1 Urin Porsi Tengah 1.
persiapan pengambilan urin sterilisasi, pria membersihkan p p preputium p & wanita membersihkan labia mayora,minora serta ostium uretra eksterna keluarkan urin, aliran urin yang pertama dibuang,aliran urin selanjutnya ditampung dalam wadah pengumpulan urin selesai sebelum wadah,pengumpulan aliran urin habis
Collection techniques 2. Urin Kateter lakukan desinfeksi dengan alkohol 70% pada bagian selang kateter yang terbuat dari karet aspirasi urin dengan menggunakan semprit sebanyak lebih kurang 10 ml 3 Urin Suprapubik 3. dilakukan pada kandung kemih yang penuh aspirasi urin dilakukan tepat dititik suprapubik urin diambil lebih kurang 20 ml
Collection techniques FECES (TINJA)
- Feces segar, pasien diharuskan buang air kecil terlebih dahulu agar g tinja j tidak tercemar urin pasien disuruh buang air besar langsung ke dalam pot tinja (± 5 gram) - Usap rektum, dilakukan pada pasien yang sulit buang air besar, dehidrasi, shock Digunakan lidi kapas steril yang sudah dibasahi NaCl fisiologis
Collection techniques Usap p nasofaring/Usap g p tenggorok gg
- Dilakukan 2 kali pengambilan,satu untuk pemeriksaan mikroskopis dan yang lain untuk biakan (k lt ) (kultur) Eksudat/Pus - Luka purulen/ulkus Pembersihan luka dengan kain kasa yang telah dibasahi NaCl fisiologis dengan kapas lidi steril usapkan pada luka/ulkus tanpa menyentuh bagian tepi luka,lakukan sebanyak 2 kali masukkan ke dalam tabung media transport
Collection techniques - Abses
Dilakukan desinfeksi dengan povidone iodine 10% dan alkohol 70% tusuk jarum dan hisap dengan semprit steril cairan eksudat/pus teteskan eksudat/pus pada kapas lidi steril dan masukkan dalam media transport sisanya dimasukkan dalam wadah transport, steril Bisa juga dilakukan insisi pada abses,lalu d dengan kkapas lidi sterilil di diusapkan k b bagian i dasar abses,kemudian masukkan dalam media transport p
Spesimen yang mengandung patogen berbahaya Petugas laboratorium mesti memperoleh
informasi secukupnya apakah spesimen yang dikirimkan mungkin mengandung organisme yang sangat infeksius Spesimen tersebut mesti diberi label: HIGH RISK.
High g risk specimens p : Dahak yang kemungkinan mengandung
Mycobacterium tuberculosis Spesimen p tinja j yyang g mungkin g mengang dung V.choleare atau Salmonella typhi Cairan dari ulkus atau p pustula yyang g mungkin g mengandung Bacillus anthracis atau Treponema pallidum Spesimen dari pasien yang diduga dengan hepatitis, demam berdarah, pest.
Media Transport p Sebaiknya y spesimen p klinik untuk p peme-
riksaan mikrobiologik dikirimkan ke Lab. sesegera mungkin, supaya patogen yang mungkin terdapat di dalam spesimen masih viable (hidup). Kalau K l diantisipasi di ti i i akan k terjadi t j di keterlambatan, k t l b t maka gunakan medium transport:
Stuart s transport medium Stuart”s Amies transport medium Cary-Blair y medium
Cara penyimpanan dan Pengiriman Darah disimpan pada suhu kamar,tetapi tidak
boleh lebih dari 24 jam, spesimen tidak boleh disimpan dalam lemari es. Spesimen harus segera dikirim ke laboraturium,apabila jarak jauh,spesimen darah dapat dimasukkan ke dalam botol/tabung yang berisi antikoagulan sodium polyanethol sulfonate
Cara penyimpanan dan Pengiriman Spesimen Sputum dan urin harus sudah
tiba di laboraturium dalam waktu 1 jam,bila tidak memungkinkan harus disimpan dalam lemari es (2-8ºC) Pengiriman sputum dan urin dilakukan dalam cooling box kecuali jika pengiriman dapat dilakukan kurang dari 1 jam setelah pengambilan spesmen
Cara penyimpanan dan Pengiriman Spesimen tinja harus segera dikirim ke
laboraturium (kurang dari 2 jam setelah pengambilan bahan) Bila lebih dari 2 jam spesimen dimasukkan ke dalam media transport Carry & Blair dan disimpan dalam suhu ruang Bila tidak ada media transport, tinja disimpan d l dalam suhu h 2 2-8ºC 8ºC
Cara penyimpanan dan Pengiriman Usap p tenggorok gg dan Usap p nasofaring g
Spesimen dimasukkan ke dalam media transport Bila spesimen tidak dapat diproses pada hari yang sama, bisa disimpan pada suhu 2-8ºC U t k biakan Untuk bi k b bakteri kt i mikroaerofilik ik filik di disimpan i dalam suasana CO2 5-10% (Sungkup lilin) Pengiriman dilakukan dengan menggunakan cooling box (2-8ºC) kecuali jika waktu perjalanan kurang dari 24 jam
Cara penyimpanan dan Pengiriman Eksudat/pus
Spesimen harus sudah sampai di laboraturium dalam waktu 2 jjam setelah pengambilan, jika tidak memungkinkan bisa disimpan dalam lemari es (2-8ºC) Pengiriman dilakukan dengan menggunakan cooling box (2-8ºC) kecuali jika perjalanan yang diperlukan di l k kkurang d darii 2 jjam
Cara penyimpanan dan Pengiriman Cairan Otak
Spesimen harus sudah tiba di laboraturium dalam waktu 1 jam setelah pengambilan, jika tidak id k memungkinkan ki k spesimen i h harus disimpan dalam lemari es atau media transport dalam beberapa jam saja Pengiriman spesimen harus secepat mungkin dengan menggunakan cooling box (2-8ºC) kecuali jika waktu perjalanan kurang dari 1 jam
Specimen p Quality Q y Informasi yang diberikan oleh Lab sangat
bermanfaat jika dapat digunakan untuk :
Menegakkan diagnosis penyakit infeksi Pedoman dalam p pemilihan antimikroba Memonitor progress atau prognosis penyakit
Mutu spesimen p yyang g jelek j : Etiologic ( causative ) agent dari penyakit
infeksinya tidak dapat diisolasi Terjadi overgrowth normal microbiota yang akan menutupi pertumbuhan mikroorganaisme p g patogen Kontaminan dapat mengganggu identifikasi patogen dan diagnosis dari penyakit pasien.
Kriteria High g Q Quality y specimens p : Spesimen p klinis yyang g diambil mestilah appropriate specimens supaya diagnosis penyakitnya akurat 2. Hindari terkontaminasinya spesimen dengan normal microbiota 3. Transportasi spesimen ke Lab mesti dengan cara yang tepat ( kalau perlu dengan dry ice ice, secara anaerob anaerob, dengan pengawet )). 1.
Komponen Spesimen Bermutu: 1. 2. 3.
Proper SELECTION of the specimen Proper COLLECTION of the specimen Proper TRANSPORT of the specimen to the lab.
KRITERIA PENOLAKAN SPESIMEN 1 Spesimen yang tidak diberi label ataupun 1. 2. 3. 4. 5. 5
labelnya rusak/tidak jelas Spesimen p yyang g disimpan/dikirim p terlalu lama Wadah/container spesimen rusak atau tidak sesuai Spesimen diterima dalam keadaan fiksasi Sputum oropharing Sputu o op a g yang ya g te terkontaminasi o ta as
KRITERIA PENOLAKAN SPESIMEN 6. Terdapat p dua spesimen p ((tinja,dahak) j , ) yyang g sama dalam 24 jam kecuali sudah ada penjelasan kepada petugas laboraturium 7 Spesimen 7. S i yang diki dikirim i tid tidak k sesuaii d dengan permintaan kultur, misalnya urine yang diambil dari kateter tidak sesuai untuk kultur kuman anaerob 8. Swab kering 9. Pengumpulan urin/dahak dalam 24 jam untuk kultur j jamur atau t AFB 10.Kriteria-kriteria khusus lain yang tidak sesuai dengan laboraturium
Environmentally Fragile Organisms
Organism Shigella spp. N. gonorrhoeae
Most Likely Specimen Stool Genital
N. meningitidis
CSF
H. influenzae f
CSF,, eye, y , ear,, throat
QA monitor??
Comment Immediate processing recommended Sensitive to cold. Need 55-10% 10% CO2. Immediate processing recommended Sensitive to cold. Immediate processing recommended Sensitive to cold. Immediate pprocessingg recommended
Media Transport p yyang g dianjurkan: j MEDIUM
KEGUNAAN
COMMENT
Stuart’s medium
Untuk kuman aerob & beberapa anaerob fakultatif
Umumnya bagus untuk media transport terutama untuk swab
Amies medium
Untuk kuman anaerob & anaerob fakultatif
Lebih bagus untuk anaerob fakultatif dibanding stuart’s medium
Amies + arang
GO
Media transport yang paling bagus untuk GO
Carry-Blair
Untuk kuman patogen usus (salmonella,shigella,vibrio,campylo bacter)
Semua spesimen tinja yg memerlukan waktu pengiriman lbh dari satu jam harus menggunakan media ini terutama untuk campylobacter
Media transport anaerob
Banyak jenis kuman
Media yang dianjurkan dengan menggunakan indikator oksigen
Medium untuk telur & parasit (PVA,SAF,10% Formalin,Alcohol based-ecofix)
Protozoa
Media ini tidak mengandung banyak merkuri atau formalin Ramah lingkungan
Media transport virus
Banyak jenis virus
Umumnya mengandung antibiotik
Acceptable Specimens For Anaerobic Culture Site Head and neck
Lungs
Soft tissue
Urinaryy tract
Acceptable Specimens Abscess aspirate obtained by needle and syringe after surface decontamination Biopsy material surgically obtained Anaerobic swab surgically obtained when aspiration is not feasible Transtracheal aspirate Material from percutaneous lung puncture Biopsy material surgically obtained Bronchoscopic specimen obtained by protected brush Thoracatomy specimen Anaerobic swab surgically obtained Aspirate obtained by needle and syringe Biopsy material surgically obtained Aspirate from sinus tract obtained by needle and plastic catheter small p Deep aspirate of open-wound obtained through decontaminated skin Deep aspirate of surface ulcer obtained through decontaminated skin Suprapubic p p aspirate p
Unacceptable Specimens Throat or nasopharyngeal swabs Gingival swabs Superficial material collected with swabs
Expectorated sputum Induced sputum Endotracheal aspirate Bronchoscopic specimens not specially collected
Superficial material collected from skin surfaces or edges of wound
Voided urine Catheterized urine
