El desafío de identificar correctamente Enterobacterias.
María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga
CARACTERÍSTICAS • COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm • GRAM NEGATIVOS • NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES • FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS
TAXONOMÍA • SECCIÓN 5, 2da EDICIÓN BERGEY • 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES • CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS • ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S
Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas
Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia
PODER PATÓGENO • ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA • CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS • PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS • PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES
TIPIFICACIÓN • BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS • SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS
TIPIFICACIÓN
• FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli • PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS • GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.
Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag
Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis
AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MEDIOS COMUNES • MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES • INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS • CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.
AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. • MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo
¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?
Oxidasa
¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?
1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli
TSI
TRIBU I : ESCHERICHIEAE
Mac Conkey Sorbitol
Mac Conkey
¿Cómo diferenciamos Shigella de E.coli ? Pruebas
E.coli
Shigella
Indol
+ (96,3)
- ó + (37,8)
Lisina decarboxilasa
D (80,6)
- (0)
Ornitina decarbox. Lactosa
D (57,8)
- ó + (20)
+ (91,6)
- (0,3)
Acetato de sodio
+ (83,3)
- (0)
Gas de glucosa
+ (92)
- (2,1)
Motilidad
+ ó – (62,1)
- (0)
RM
VP
Diferenciación de Shigella
E.coli
Shigella
TSI
LIA Acetato
MIO
ONPG
Clasificación Serológica Especie
Serogrupo
Serotipo
S. dysenteriae
A
1- 12
S. flexneri
B
1- 6
S. boydii
C
1- 18
S. sonnei
D
1
TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica
E.tarda
Lactosa (fermentación)
-
SH2
+
Indol
+
Trehalosa (fermentación)
-
Manitol, sacarosa (ferm)
-
Arabinosa (fermentación)
-/+
Malonato (utilización)
-
Movilidad a 37ºC
+
Habitad
Hombre y animales
TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori
Salmonella enterica subesp. enterica (I)
Prueba bioquímica
Sal.subesp.(I)
Lactosa (fermentación)***
-
ONPG
-
SH2
+
Glucosa (fermentación)***
+/ con gas
Rojo de Metilo*
+
Voges – Proskauer*
-
Lisina decarboxilasa**
+
Ornitina decarboxilasa**
+
Arginina dehidrolasa**
+
Urea (hidrólisis)**
-
Malonato (utilización)*
-
Citrato Simmons**
+
*Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica
Salmonella entérica subesp.enterica(I)
Proteus mirabilis
SH2
+
+
Urea (hidrólisis)
-
+
Fenilalaninadeaminasa
-
+
Lisina decarboxilasa
+
-
Ornitina decarboxilasa
+
+
Lactosa (fermentación)
-
-
Dulcita (fermentación)
+
-
ONPG
-
-
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos
Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica
Salm entérica subesp.enterica(I)
Citrobacter freundii
SH2
+
+
Urea (hidrólisis)
-
d
Lisina decarboxilasa
+
-
Ornitina decarboxilasa
+
d
Lactosa (fermentación)
-
d
Sacarosa (fermentación)
-
d
Dulcita (fermentación)
+
d
Malonato (utilización)
-
d
ONPG
-
+
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones
Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 +
Pruebas bioquímicas
Salmonella entérica subesp. enterica(I)
E.Tarda
E.coli SH2+
Indol
-
+
+
Citrato Simmosns
+
-
-
Lisina decarboxilasa
+
+
+
Arginina dehidrolasa
+
-
-/+
Manita (fermentación)
+
-
+
Dulcita (fermentación)
+
-
+/-
Ramnosa (fermentación)
+
-
+
Xylosa (fermentación)
+
-
+
ONPG
-
-
+
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
AGAR SS
AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella
S.Paratyphi A
S. Typhi
AGAR XLD
TRIBU IV: CITROBACTEREAE
Prueba bioquímica
Citrobacter freundii
Movilidad
+
Manitol (fermentación)
+
Lisina decarboxilasa
-
ONPG
+
Citrato de Simmons
+
Rojo de Metilo
+
Voges- Proskauer
-
Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas: H2S Indol Malonato (fermentación) ODC Adonitol (fermentación) Melibiosa (fermentación) Sacarosa Dulcitol
Citrobacter spp
En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -
TRIBU V: KLEBSIELLEAE
GRUPO KES
Klebsiella
Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.
Pantoea agglomerans
Enterobacter aerogenes
Prueba bioquímica
E. cloacae
E. aerogenes
Movilidad
+
+
Lisina decarboxilasa
-
+
Arginina dehidrolasa
+
-
Serratia marcescens
D-xylosa(-) D-manosa (+)
(+) DNAsa
(-)
Prueba bioquímica
Serratia marcescens
Serratia liquefaciens
Arabinosa (fermentación)
-
+
Xilosa (fermentación)
-
+
Melibiosa (fermentación)
-
+
Rafinosa (fermentación)
-
+
Pigmento rojo
d
-
Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -
Hafnia alvei
ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-
TRIBU VI: PROTEEAE
Proteus
Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella
Test Bioquímicos
Proteusa
Providenciaa
Morganellaa
Citrato
V
+
-
Ferm de D- Manosa
-
+
+
Liquefacción de gelatina 22ºC
+
-
-
H2S en TSI
+
-
V
Ferm myo-inositol
-
V
-
Ornitina decarboxilasa
V
-
(+)
Swarmming
+
-
-
Hidrólisis de urea
+
V
+
a reacciones dentro de las 48 hs +: 90 – 100% de positivo (+): 75 – 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 – 10% de positivo
O’Hara y col Clin Microb Rev.2004.534-546
Proteus
TRIBU VI: YERSINIEAE Género: Yersinia
Prueba bioquímica TSI
Y.enterocolitica K/A sin gas SH2 -
Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días)
+
Lactosa (fermentación)
-
Fenil alanita deaminasa
-
Rammonsa (fermentación a 25ºC)
-
VP (22º-25ºC)
+
Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli
CPSID3
E.coli
VITEK
María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga
El desafío de identificar correctamente Enterobacterias.
María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga
CARACTERÍSTICAS • COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm • GRAM NEGATIVOS • NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES • FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS
TAXONOMÍA • SECCIÓN 5, 2da EDICIÓN BERGEY • 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES • CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS • ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S
Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas
Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia
PODER PATÓGENO • ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA • CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS • PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS • PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES
TIPIFICACIÓN • BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS • SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS
TIPIFICACIÓN
• FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli • PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS • GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.
Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag
Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis
AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MEDIOS COMUNES • MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES • INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS • CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.
AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. • MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo
¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?
Oxidasa
¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?
1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli
TSI
TRIBU I : ESCHERICHIEAE
Mac Conkey Sorbitol
Mac Conkey
¿Cómo diferenciamos Shigella de E.coli ? Pruebas
E.coli
Shigella
Indol
+ (96,3)
- ó + (37,8)
Lisina decarboxilasa
D (80,6)
- (0)
Ornitina decarbox. Lactosa
D (57,8)
- ó + (20)
+ (91,6)
- (0,3)
Acetato de sodio
+ (83,3)
- (0)
Gas de glucosa
+ (92)
- (2,1)
Motilidad
+ ó – (62,1)
- (0)
RM
VP
Diferenciación de Shigella
E.coli
Shigella
TSI
LIA Acetato
MIO
ONPG
Clasificación Serológica Especie
Serogrupo
Serotipo
S. dysenteriae
A
1- 12
S. flexneri
B
1- 6
S. boydii
C
1- 18
S. sonnei
D
1
TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica
E.tarda
Lactosa (fermentación)
-
SH2
+
Indol
+
Trehalosa (fermentación)
-
Manitol, sacarosa (ferm)
-
Arabinosa (fermentación)
-/+
Malonato (utilización)
-
Movilidad a 37ºC
+
Habitad
Hombre y animales
TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori
Salmonella enterica subesp. enterica (I)
Prueba bioquímica
Sal.subesp.(I)
Lactosa (fermentación)***
-
ONPG
-
SH2
+
Glucosa (fermentación)***
+/ con gas
Rojo de Metilo*
+
Voges – Proskauer*
-
Lisina decarboxilasa**
+
Ornitina decarboxilasa**
+
Arginina dehidrolasa**
+
Urea (hidrólisis)**
-
Malonato (utilización)*
-
Citrato Simmons**
+
*Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica
Salmonella entérica subesp.enterica(I)
Proteus mirabilis
SH2
+
+
Urea (hidrólisis)
-
+
Fenilalaninadeaminasa
-
+
Lisina decarboxilasa
+
-
Ornitina decarboxilasa
+
+
Lactosa (fermentación)
-
-
Dulcita (fermentación)
+
-
ONPG
-
-
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos
Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica
Salm entérica subesp.enterica(I)
Citrobacter freundii
SH2
+
+
Urea (hidrólisis)
-
d
Lisina decarboxilasa
+
-
Ornitina decarboxilasa
+
d
Lactosa (fermentación)
-
d
Sacarosa (fermentación)
-
d
Dulcita (fermentación)
+
d
Malonato (utilización)
-
d
ONPG
-
+
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones
Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 +
Pruebas bioquímicas
Salmonella entérica subesp. enterica(I)
E.Tarda
E.coli SH2+
Indol
-
+
+
Citrato Simmosns
+
-
-
Lisina decarboxilasa
+
+
+
Arginina dehidrolasa
+
-
-/+
Manita (fermentación)
+
-
+
Dulcita (fermentación)
+
-
+/-
Ramnosa (fermentación)
+
-
+
Xylosa (fermentación)
+
-
+
ONPG
-
-
+
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
AGAR SS
AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella
S.Paratyphi A
S. Typhi
AGAR XLD
TRIBU IV: CITROBACTEREAE
Prueba bioquímica
Citrobacter freundii
Movilidad
+
Manitol (fermentación)
+
Lisina decarboxilasa
-
ONPG
+
Citrato de Simmons
+
Rojo de Metilo
+
Voges- Proskauer
-
Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas: H2S Indol Malonato (fermentación) ODC Adonitol (fermentación) Melibiosa (fermentación) Sacarosa Dulcitol
Citrobacter spp
En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -
TRIBU V: KLEBSIELLEAE
GRUPO KES
Klebsiella
Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.
Pantoea agglomerans
Enterobacter aerogenes
Prueba bioquímica
E. cloacae
E. aerogenes
Movilidad
+
+
Lisina decarboxilasa
-
+
Arginina dehidrolasa
+
-
Serratia marcescens
D-xylosa(-) D-manosa (+)
(+) DNAsa
(-)
Prueba bioquímica
Serratia marcescens
Serratia liquefaciens
Arabinosa (fermentación)
-
+
Xilosa (fermentación)
-
+
Melibiosa (fermentación)
-
+
Rafinosa (fermentación)
-
+
Pigmento rojo
d
-
Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -
Hafnia alvei
ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-
TRIBU VI: PROTEEAE
Proteus
Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella
Test Bioquímicos
Proteusa
Providenciaa
Morganellaa
Citrato
V
+
-
Ferm de D- Manosa
-
+
+
Liquefacción de gelatina 22ºC
+
-
-
H2S en TSI
+
-
V
Ferm myo-inositol
-
V
-
Ornitina decarboxilasa
V
-
(+)
Swarmming
+
-
-
Hidrólisis de urea
+
V
+
a reacciones dentro de las 48 hs +: 90 – 100% de positivo (+): 75 – 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 – 10% de positivo
O’Hara y col Clin Microb Rev.2004.534-546
Proteus
TRIBU VI: YERSINIEAE Género: Yersinia
Prueba bioquímica TSI
Y.enterocolitica K/A sin gas SH2 -
Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días)
+
Lactosa (fermentación)
-
Fenil alanita deaminasa
-
Rammonsa (fermentación a 25ºC)
-
VP (22º-25ºC)
+
Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli
CPSID3
E.coli
VITEK
María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga
El desafío de identificar correctamente Enterobacterias.
María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga
CARACTERÍSTICAS • COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm • GRAM NEGATIVOS • NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES • FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS
TAXONOMÍA • SECCIÓN 5, 2da EDICIÓN BERGEY • 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES • CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS • ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S
Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas
Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia
PODER PATÓGENO • ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA • CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS • PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS • PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES
TIPIFICACIÓN • BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS • SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS
TIPIFICACIÓN
• FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli • PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS • GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.
Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag
Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis
AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MEDIOS COMUNES • MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES • INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS • CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.
AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. • MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo
¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?
Oxidasa
¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?
1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli
TSI
TRIBU I : ESCHERICHIEAE
Mac Conkey Sorbitol
Mac Conkey
¿Cómo diferenciamos Shigella de E.coli ? Pruebas
E.coli
Shigella
Indol
+ (96,3)
- ó + (37,8)
Lisina decarboxilasa
D (80,6)
- (0)
Ornitina decarbox. Lactosa
D (57,8)
- ó + (20)
+ (91,6)
- (0,3)
Acetato de sodio
+ (83,3)
- (0)
Gas de glucosa
+ (92)
- (2,1)
Motilidad
+ ó – (62,1)
- (0)
RM
VP
Diferenciación de Shigella
E.coli
Shigella
TSI
LIA Acetato
MIO
ONPG
Clasificación Serológica Especie
Serogrupo
Serotipo
S. dysenteriae
A
1- 12
S. flexneri
B
1- 6
S. boydii
C
1- 18
S. sonnei
D
1
TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica
E.tarda
Lactosa (fermentación)
-
SH2
+
Indol
+
Trehalosa (fermentación)
-
Manitol, sacarosa (ferm)
-
Arabinosa (fermentación)
-/+
Malonato (utilización)
-
Movilidad a 37ºC
+
Habitad
Hombre y animales
TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori
Salmonella enterica subesp. enterica (I)
Prueba bioquímica
Sal.subesp.(I)
Lactosa (fermentación)***
-
ONPG
-
SH2
+
Glucosa (fermentación)***
+/ con gas
Rojo de Metilo*
+
Voges – Proskauer*
-
Lisina decarboxilasa**
+
Ornitina decarboxilasa**
+
Arginina dehidrolasa**
+
Urea (hidrólisis)**
-
Malonato (utilización)*
-
Citrato Simmons**
+
*Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica
Salmonella entérica subesp.enterica(I)
Proteus mirabilis
SH2
+
+
Urea (hidrólisis)
-
+
Fenilalaninadeaminasa
-
+
Lisina decarboxilasa
+
-
Ornitina decarboxilasa
+
+
Lactosa (fermentación)
-
-
Dulcita (fermentación)
+
-
ONPG
-
-
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos
Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica
Salm entérica subesp.enterica(I)
Citrobacter freundii
SH2
+
+
Urea (hidrólisis)
-
d
Lisina decarboxilasa
+
-
Ornitina decarboxilasa
+
d
Lactosa (fermentación)
-
d
Sacarosa (fermentación)
-
d
Dulcita (fermentación)
+
d
Malonato (utilización)
-
d
ONPG
-
+
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones
Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 +
Pruebas bioquímicas
Salmonella entérica subesp. enterica(I)
E.Tarda
E.coli SH2+
Indol
-
+
+
Citrato Simmosns
+
-
-
Lisina decarboxilasa
+
+
+
Arginina dehidrolasa
+
-
-/+
Manita (fermentación)
+
-
+
Dulcita (fermentación)
+
-
+/-
Ramnosa (fermentación)
+
-
+
Xylosa (fermentación)
+
-
+
ONPG
-
-
+
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
AGAR SS
AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella
S.Paratyphi A
S. Typhi
AGAR XLD
TRIBU IV: CITROBACTEREAE
Prueba bioquímica
Citrobacter freundii
Movilidad
+
Manitol (fermentación)
+
Lisina decarboxilasa
-
ONPG
+
Citrato de Simmons
+
Rojo de Metilo
+
Voges- Proskauer
-
Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas: H2S Indol Malonato (fermentación) ODC Adonitol (fermentación) Melibiosa (fermentación) Sacarosa Dulcitol
Citrobacter spp
En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -
TRIBU V: KLEBSIELLEAE
GRUPO KES
Klebsiella
Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.
Pantoea agglomerans
Enterobacter aerogenes
Prueba bioquímica
E. cloacae
E. aerogenes
Movilidad
+
+
Lisina decarboxilasa
-
+
Arginina dehidrolasa
+
-
Serratia marcescens
D-xylosa(-) D-manosa (+)
(+) DNAsa
(-)
Prueba bioquímica
Serratia marcescens
Serratia liquefaciens
Arabinosa (fermentación)
-
+
Xilosa (fermentación)
-
+
Melibiosa (fermentación)
-
+
Rafinosa (fermentación)
-
+
Pigmento rojo
d
-
Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -
Hafnia alvei
ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-
TRIBU VI: PROTEEAE
Proteus
Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella
Test Bioquímicos
Proteusa
Providenciaa
Morganellaa
Citrato
V
+
-
Ferm de D- Manosa
-
+
+
Liquefacción de gelatina 22ºC
+
-
-
H2S en TSI
+
-
V
Ferm myo-inositol
-
V
-
Ornitina decarboxilasa
V
-
(+)
Swarmming
+
-
-
Hidrólisis de urea
+
V
+
a reacciones dentro de las 48 hs +: 90 – 100% de positivo (+): 75 – 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 – 10% de positivo
O’Hara y col Clin Microb Rev.2004.534-546
Proteus
TRIBU VII: YERSINIEAE Género: Yersinia
Prueba bioquímica TSI
Y.enterocolitica K/A sin gas SH2 -
Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días)
+
Lactosa (fermentación)
-
Fenil alanita deaminasa
-
Rammonsa (fermentación a 25ºC)
-
VP (22º-25ºC)
+
Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli
CPSID3
E.coli
VITEK
María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga
El desafío de identificar correctamente Enterobacterias.
María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga
CARACTERÍSTICAS • COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm • GRAM NEGATIVOS • NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES • FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS
TAXONOMÍA • SECCIÓN 5, 2da EDICIÓN BERGEY • 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES • CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS • ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S
Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas
Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia
PODER PATÓGENO • ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA • CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS • PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS • PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES
TIPIFICACIÓN • BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS • SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS
TIPIFICACIÓN
• FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli • PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS • GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.
Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag
Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis
AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MEDIOS COMUNES • MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES • INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS • CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.
AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. • MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo
¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?
Oxidasa
¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?
1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli
TSI
TRIBU I : ESCHERICHIEAE
Mac Conkey Sorbitol
Mac Conkey
¿Cómo diferenciamos Shigella de E.coli ? Pruebas
E.coli
Shigella
Indol
+ (96,3)
- ó + (37,8)
Lisina decarboxilasa
D (80,6)
- (0)
Ornitina decarbox. Lactosa
D (57,8)
- ó + (20)
+ (91,6)
- (0,3)
Acetato de sodio
+ (83,3)
- (0)
Gas de glucosa
+ (92)
- (2,1)
Motilidad
+ ó – (62,1)
- (0)
RM
VP
Diferenciación de Shigella
E.coli
Shigella
TSI
LIA Acetato
MIO
ONPG
Clasificación Serológica Especie
Serogrupo
Serotipo
S. dysenteriae
A
1- 12
S. flexneri
B
1- 6
S. boydii
C
1- 18
S. sonnei
D
1
TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica
E.tarda
Lactosa (fermentación)
-
SH2
+
Indol
+
Trehalosa (fermentación)
-
Manitol, sacarosa (ferm)
-
Arabinosa (fermentación)
-/+
Malonato (utilización)
-
Movilidad a 37ºC
+
Habitad
Hombre y animales
TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori
Salmonella enterica subesp. enterica (I)
Prueba bioquímica
Sal.subesp.(I)
Lactosa (fermentación)***
-
ONPG
-
SH2
+
Glucosa (fermentación)***
+/ con gas
Rojo de Metilo*
+
Voges – Proskauer*
-
Lisina decarboxilasa**
+
Ornitina decarboxilasa**
+
Arginina dehidrolasa**
+
Urea (hidrólisis)**
-
Malonato (utilización)*
-
Citrato Simmons**
+
*Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica
Salmonella entérica subesp.enterica(I)
Proteus mirabilis
SH2
+
+
Urea (hidrólisis)
-
+
Fenilalaninadeaminasa
-
+
Lisina decarboxilasa
+
-
Ornitina decarboxilasa
+
+
Lactosa (fermentación)
-
-
Dulcita (fermentación)
+
-
ONPG
-
-
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos
Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica
Salm entérica subesp.enterica(I)
Citrobacter freundii
SH2
+
+
Urea (hidrólisis)
-
d
Lisina decarboxilasa
+
-
Ornitina decarboxilasa
+
d
Lactosa (fermentación)
-
d
Sacarosa (fermentación)
-
d
Dulcita (fermentación)
+
d
Malonato (utilización)
-
d
ONPG
-
+
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones
Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 +
Pruebas bioquímicas
Salmonella entérica subesp. enterica(I)
E.Tarda
E.coli SH2+
Indol
-
+
+
Citrato Simmosns
+
-
-
Lisina decarboxilasa
+
+
+
Arginina dehidrolasa
+
-
-/+
Manita (fermentación)
+
-
+
Dulcita (fermentación)
+
-
+/-
Ramnosa (fermentación)
+
-
+
Xylosa (fermentación)
+
-
+
ONPG
-
-
+
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
AGAR SS
AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella
S.Paratyphi A
S. Typhi
AGAR XLD
TRIBU IV: CITROBACTEREAE
Prueba bioquímica
Citrobacter freundii
Movilidad
+
Manitol (fermentación)
+
Lisina decarboxilasa
-
ONPG
+
Citrato de Simmons
+
Rojo de Metilo
+
Voges- Proskauer
-
Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas: H2S Indol Malonato (fermentación) ODC Adonitol (fermentación) Melibiosa (fermentación) Sacarosa Dulcitol
Citrobacter spp
En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -
TRIBU V: KLEBSIELLEAE
GRUPO KES
Klebsiella
Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.
Pantoea agglomerans
Enterobacter aerogenes
Prueba bioquímica
E. cloacae
E. aerogenes
Movilidad
+
+
Lisina decarboxilasa
-
+
Arginina dehidrolasa
+
-
Serratia marcescens
D-xylosa(-) D-manosa (+)
(+) DNAsa
(-)
Prueba bioquímica
Serratia marcescens
Serratia liquefaciens
Arabinosa (fermentación)
-
+
Xilosa (fermentación)
-
+
Melibiosa (fermentación)
-
+
Rafinosa (fermentación)
-
+
Pigmento rojo
d
-
Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -
Hafnia alvei
ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-
TRIBU VI: PROTEEAE
Proteus
Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella
Test Bioquímicos
Proteusa
Providenciaa
Morganellaa
Citrato
V
+
-
Ferm de D- Manosa
-
+
+
Liquefacción de gelatina 22ºC
+
-
-
H2S en TSI
+
-
V
Ferm myo-inositol
-
V
-
Ornitina decarboxilasa
V
-
(+)
Swarmming
+
-
-
Hidrólisis de urea
+
V
+
a reacciones dentro de las 48 hs +: 90 – 100% de positivo (+): 75 – 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 – 10% de positivo
O’Hara y col Clin Microb Rev.2004.534-546
Proteus
TRIBU VII: YERSINIEAE Género: Yersinia
Prueba bioquímica TSI
Y.enterocolitica K/A sin gas SH2 -
Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días)
+
Lactosa (fermentación)
-
Fenil alanita deaminasa
-
Rammonsa (fermentación a 25ºC)
-
VP (22º-25ºC)
+
Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli
CPSID3
E.coli
VITEK
María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga
El desafío de identificar correctamente Enterobacterias
María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga
CARACTERÍSTICAS • COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm • GRAM NEGATIVOS • NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES • FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS
TAXONOMÍA • SECCIÓN 5, 2da EDICIÓN BERGEY • 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES • CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS • ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S
Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas
Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia
PODER PATÓGENO • ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA • CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS • PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS • PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES
Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis
TIPIFICACIÓN • BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS • SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS
TIPIFICACIÓN
• FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli • PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS • GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.
Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag
AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MEDIOS COMUNES • MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES • INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS • CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.
AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. • MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo
¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?
Oxidasa
¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?
1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli
TSI
TRIBU I : ESCHERICHIEAE
Mac Conkey Sorbitol
Mac Conkey
¿Cómo diferenciamos Shigella de E.coli ? Pruebas
E.coli
Shigella
Indol
+ (96,3)
- ó + (37,8)
Lisina decarboxilasa
D (80,6)
- (0)
Ornitina decarbox. Lactosa
D (57,8)
- ó + (20)
+ (91,6)
- (0,3)
Acetato de sodio
+ (83,3)
- (0)
Gas de glucosa
+ (92)
- (2,1)
Motilidad
+ ó – (62,1)
- (0)
RM
VP
Diferenciación de Shigella
E.coli
Shigella
TSI
LIA Acetato
MIO
ONPG
Clasificación Serológica Especie
Serogrupo
Serotipo
S. dysenteriae
A
1- 12
S. flexneri
B
1- 6
S. boydii
C
1- 18
S. sonnei
D
1
TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica
E.tarda
Lactosa (fermentación)
-
SH2
+
Indol
+
Trehalosa (fermentación)
-
Manitol, sacarosa (ferm)
-
Arabinosa (fermentación)
-/+
Malonato (utilización)
-
Movilidad a 37ºC
+
Habitad
Hombre y animales
TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori
Salmonella enterica subesp. enterica (I)
Prueba bioquímica
Sal.subesp.(I)
Lactosa (fermentación)***
-
ONPG
-
SH2
+
Glucosa (fermentación)***
+/ con gas
Rojo de Metilo*
+
Voges – Proskauer*
-
Lisina decarboxilasa**
+
Ornitina decarboxilasa**
+
Arginina dehidrolasa**
+
Urea (hidrólisis)**
-
Malonato (utilización)*
-
Citrato Simmons**
+
*Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica
Salmonella entérica subesp.enterica(I)
Proteus mirabilis
SH2
+
+
Urea (hidrólisis)
-
+
Fenilalaninadeaminasa
-
+
Lisina decarboxilasa
+
-
Ornitina decarboxilasa
+
+
Lactosa (fermentación)
-
-
Dulcita (fermentación)
+
-
ONPG
-
-
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos
Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica
Salm entérica subesp.enterica(I)
Citrobacter freundii
SH2
+
+
Urea (hidrólisis)
-
d
Lisina decarboxilasa
+
-
Ornitina decarboxilasa
+
d
Lactosa (fermentación)
-
d
Sacarosa (fermentación)
-
d
Dulcita (fermentación)
+
d
Malonato (utilización)
-
d
ONPG
-
+
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones
Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 +
Pruebas bioquímicas
Salmonella entérica subesp. enterica(I)
E.tarda
E.coli SH2+
Indol
-
+
+
Citrato Simmosns
+
-
-
Lisina decarboxilasa
+
+
+
Arginina dehidrolasa
+
-
-/+
Manita (fermentación)
+
-
+
Dulcita (fermentación)
+
-
+/-
Ramnosa (fermentación)
+
-
+
Xylosa (fermentación)
+
-
+
ONPG
-
-
+
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
AGAR SS
AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella
S.Paratyphi A ODC +
LIA -
ODC LIA +
S. Typhi
AGAR XLD
TRIBU IV: CITROBACTEREAE
Prueba bioquímica
Citrobacter freundii
Movilidad
+
Manitol (fermentación)
+
Lisina decarboxilasa
-
ONPG
+
Citrato de Simmons
+
Rojo de Metilo
+
Voges- Proskauer
-
Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas: H2S Indol Malonato (fermentación) ODC Adonitol (fermentación) Melibiosa (fermentación) Sacarosa Dulcitol
Citrobacter spp
En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -
TRIBU V: KLEBSIELLEAE Géneros: KES y Hafnia
GRUPO KES
Klebsiella
Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.
Pantoea agglomerans
Enterobacter aerogenes
Prueba bioquímica
E. cloacae
E. aerogenes
Movilidad
+
+
Lisina decarboxilasa
-
+
Arginina dehidrolasa
+
-
Serratia marcescens
D-xylosa(-) D-manosa (+)
(+) DNAsa
(-)
Prueba bioquímica
Serratia marcescens
Serratia liquefaciens
Arabinosa (fermentación)
-
+
Xilosa (fermentación)
-
+
Melibiosa (fermentación)
-
+
Rafinosa (fermentación)
-
+
Pigmento rojo
d
-
Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -
Hafnia alvei
ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-
TRIBU VI: PROTEEAE Géneros: Proteus, Morganella y Providencia
Proteus
Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella
Test Bioquímicos
Proteusa
Providenciaa
Morganellaa
Citrato
V
+
-
Ferm de D- Manosa
-
+
+
Liquefacción de gelatina 22ºC
+
-
-
H2S en TSI
+
-
V
Ferm myo-inositol
-
V
-
Ornitina decarboxilasa
V
-
(+)
Swarmming
+
-
-
Hidrólisis de urea
+
V
+
a reacciones dentro de las 48 hs +: 90 – 100% de positivo (+): 75 – 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 – 10% de positivo
O’Hara y col Clin Microb Rev.2004.534-546
Proteus
TRIBU VII: YERSINIEAE Género: Yersinia
Prueba bioquímica TSI
Y.enterocolitica K/A sin gas SH2 -
Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días)
+
Lactosa (fermentación)
-
Fenil alanita deaminasa
-
Rammonsa (fermentación a 25ºC)
-
VP (22º-25ºC)
+
Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli
CPSID3
E.coli
VITEK
María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga
Para consultas y derivaciones Laboratorio Central de la Provincia de Córdoba Tránsito Cáceres de Allende 421- 5000 Córdoba Te: 0351- 4342452 Biología Molecular María Emilia Suárez
[email protected] Cel: 0351-156347704
El desafío de identificar correctamente Enterobacterias
María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga
CARACTERÍSTICAS • COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm • GRAM NEGATIVOS • NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES • FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS
TAXONOMÍA • SECCIÓN 5, 2da EDICIÓN BERGEY • 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES • CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS • ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S
Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas
Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia
PODER PATÓGENO • ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA • CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS • PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS • PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES
Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis
TIPIFICACIÓN • BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS • SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS
TIPIFICACIÓN
• FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli • PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS • GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.
Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag
AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MEDIOS COMUNES • MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES • INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS • CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.
AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. • MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo
¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?
Oxidasa
¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?
1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli
TSI
TRIBU I : ESCHERICHIEAE
Mac Conkey Sorbitol
Mac Conkey
¿Cómo diferenciamos Shigella de E.coli ? Pruebas
E.coli
Shigella
Indol
+ (96,3)
- ó + (37,8)
Lisina decarboxilasa
D (80,6)
- (0)
Ornitina decarbox. Lactosa
D (57,8)
- ó + (20)
+ (91,6)
- (0,3)
Acetato de sodio
+ (83,3)
- (0)
Gas de glucosa
+ (92)
- (2,1)
Motilidad
+ ó – (62,1)
- (0)
RM
VP
Diferenciación de Shigella
E.coli
Shigella
TSI
LIA Acetato
MIO
ONPG
Clasificación Serológica Especie
Serogrupo
Serotipo
S. dysenteriae
A
1- 12
S. flexneri
B
1- 6
S. boydii
C
1- 18
S. sonnei
D
1
TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica
E.tarda
Lactosa (fermentación)
-
SH2
+
Indol
+
Trehalosa (fermentación)
-
Manitol, sacarosa (ferm)
-
Arabinosa (fermentación)
-/+
Malonato (utilización)
-
Movilidad a 37ºC
+
Habitad
Hombre y animales
TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori
Salmonella enterica subesp. enterica (I)
Prueba bioquímica
Sal.subesp.(I)
Lactosa (fermentación)***
-
ONPG
-
SH2
+
Glucosa (fermentación)***
+/ con gas
Rojo de Metilo*
+
Voges – Proskauer*
-
Lisina decarboxilasa**
+
Ornitina decarboxilasa**
+
Arginina dehidrolasa**
+
Urea (hidrólisis)**
-
Malonato (utilización)*
-
Citrato Simmons**
+
*Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica
Salmonella entérica subesp.enterica(I)
Proteus mirabilis
SH2
+
+
Urea (hidrólisis)
-
+
Fenilalaninadeaminasa
-
+
Lisina decarboxilasa
+
-
Ornitina decarboxilasa
+
+
Lactosa (fermentación)
-
-
Dulcita (fermentación)
+
-
ONPG
-
-
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos
Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica
Salm entérica subesp.enterica(I)
Citrobacter freundii
SH2
+
+
Urea (hidrólisis)
-
d
Lisina decarboxilasa
+
-
Ornitina decarboxilasa
+
d
Lactosa (fermentación)
-
d
Sacarosa (fermentación)
-
d
Dulcita (fermentación)
+
d
Malonato (utilización)
-
d
ONPG
-
+
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones
Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 +
Pruebas bioquímicas
Salmonella entérica subesp. enterica(I)
E.tarda
E.coli SH2+
Indol
-
+
+
Citrato Simmosns
+
-
-
Lisina decarboxilasa
+
+
+
Arginina dehidrolasa
+
-
-/+
Manita (fermentación)
+
-
+
Dulcita (fermentación)
+
-
+/-
Ramnosa (fermentación)
+
-
+
Xylosa (fermentación)
+
-
+
ONPG
-
-
+
+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008
AGAR SS
AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella
S.Paratyphi A ODC +
LIA -
ODC LIA +
S. Typhi
AGAR XLD
TRIBU IV: CITROBACTEREAE
Prueba bioquímica
Citrobacter freundii
Movilidad
+
Manitol (fermentación)
+
Lisina decarboxilasa
-
ONPG
+
Citrato de Simmons
+
Rojo de Metilo
+
Voges- Proskauer
-
Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas: H2S Indol Malonato (fermentación) ODC Adonitol (fermentación) Melibiosa (fermentación) Sacarosa Dulcitol
Citrobacter spp
En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -
TRIBU V: KLEBSIELLEAE Géneros: KES y Hafnia
GRUPO KES
Klebsiella
Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.
Pantoea agglomerans
Enterobacter aerogenes
Prueba bioquímica
E. cloacae
E. aerogenes
Movilidad
+
+
Lisina decarboxilasa
-
+
Arginina dehidrolasa
+
-
Serratia marcescens
D-xylosa(-) D-manosa (+)
(+) DNAsa
(-)
Prueba bioquímica
Serratia marcescens
Serratia liquefaciens
Arabinosa (fermentación)
-
+
Xilosa (fermentación)
-
+
Melibiosa (fermentación)
-
+
Rafinosa (fermentación)
-
+
Pigmento rojo
d
-
Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -
Hafnia alvei
ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-
TRIBU VI: PROTEEAE Géneros: Proteus, Morganella y Providencia
Proteus
Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella
Test Bioquímicos
Proteusa
Providenciaa
Morganellaa
Citrato
V
+
-
Ferm de D- Manosa
-
+
+
Liquefacción de gelatina 22ºC
+
-
-
H2S en TSI
+
-
V
Ferm myo-inositol
-
V
-
Ornitina decarboxilasa
V
-
(+)
Swarmming
+
-
-
Hidrólisis de urea
+
V
+
a reacciones dentro de las 48 hs +: 90 – 100% de positivo (+): 75 – 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 – 10% de positivo
O’Hara y col Clin Microb Rev.2004.534-546
Proteus
TRIBU VII: YERSINIEAE Género: Yersinia
Prueba bioquímica TSI
Y.enterocolitica K/A sin gas SH2 -
Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días)
+
Lactosa (fermentación)
-
Fenil alanita deaminasa
-
Rammonsa (fermentación a 25ºC)
-
VP (22º-25ºC)
+
Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli
CPSID3
E.coli
VITEK
María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga
Para consultas y derivaciones Laboratorio Central de la Provincia de Córdoba Tránsito Cáceres de Allende 421- 5000 Córdoba Te: 0351- 4342452 Biología Molecular María Emilia Suárez
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