El desafío de identificar correctamente Enterobacterias

Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. ... Para diferenciar especies, ... Pruebas bioquímicas Salmonellaentérica...

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El desafío de identificar correctamente Enterobacterias.

María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

CARACTERÍSTICAS • COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm • GRAM NEGATIVOS • NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES • FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS

TAXONOMÍA • SECCIÓN 5, 2da EDICIÓN BERGEY • 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES • CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS • ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S

Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas

Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia

PODER PATÓGENO • ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA • CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS • PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS • PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES

TIPIFICACIÓN • BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS • SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS

TIPIFICACIÓN

• FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli • PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS • GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.

Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag

Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis

AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MEDIOS COMUNES • MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES • INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS • CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.

AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. • MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo

¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?

Oxidasa

¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?

1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli

TSI

TRIBU I : ESCHERICHIEAE

Mac Conkey Sorbitol

Mac Conkey

¿Cómo diferenciamos Shigella de E.coli ? Pruebas

E.coli

Shigella

Indol

+ (96,3)

- ó + (37,8)

Lisina decarboxilasa

D (80,6)

- (0)

Ornitina decarbox. Lactosa

D (57,8)

- ó + (20)

+ (91,6)

- (0,3)

Acetato de sodio

+ (83,3)

- (0)

Gas de glucosa

+ (92)

- (2,1)

Motilidad

+ ó – (62,1)

- (0)

RM

VP

Diferenciación de Shigella

E.coli

Shigella

TSI

LIA Acetato

MIO

ONPG

Clasificación Serológica Especie

Serogrupo

Serotipo

S. dysenteriae

A

1- 12

S. flexneri

B

1- 6

S. boydii

C

1- 18

S. sonnei

D

1

TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica

E.tarda

Lactosa (fermentación)

-

SH2

+

Indol

+

Trehalosa (fermentación)

-

Manitol, sacarosa (ferm)

-

Arabinosa (fermentación)

-/+

Malonato (utilización)

-

Movilidad a 37ºC

+

Habitad

Hombre y animales

TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori

Salmonella enterica subesp. enterica (I)

Prueba bioquímica

Sal.subesp.(I)

Lactosa (fermentación)***

-

ONPG

-

SH2

+

Glucosa (fermentación)***

+/ con gas

Rojo de Metilo*

+

Voges – Proskauer*

-

Lisina decarboxilasa**

+

Ornitina decarboxilasa**

+

Arginina dehidrolasa**

+

Urea (hidrólisis)**

-

Malonato (utilización)*

-

Citrato Simmons**

+

*Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica

Salmonella entérica subesp.enterica(I)

Proteus mirabilis

SH2

+

+

Urea (hidrólisis)

-

+

Fenilalaninadeaminasa

-

+

Lisina decarboxilasa

+

-

Ornitina decarboxilasa

+

+

Lactosa (fermentación)

-

-

Dulcita (fermentación)

+

-

ONPG

-

-

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos

Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica

Salm entérica subesp.enterica(I)

Citrobacter freundii

SH2

+

+

Urea (hidrólisis)

-

d

Lisina decarboxilasa

+

-

Ornitina decarboxilasa

+

d

Lactosa (fermentación)

-

d

Sacarosa (fermentación)

-

d

Dulcita (fermentación)

+

d

Malonato (utilización)

-

d

ONPG

-

+

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones

Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 +

Pruebas bioquímicas

Salmonella entérica subesp. enterica(I)

E.Tarda

E.coli SH2+

Indol

-

+

+

Citrato Simmosns

+

-

-

Lisina decarboxilasa

+

+

+

Arginina dehidrolasa

+

-

-/+

Manita (fermentación)

+

-

+

Dulcita (fermentación)

+

-

+/-

Ramnosa (fermentación)

+

-

+

Xylosa (fermentación)

+

-

+

ONPG

-

-

+

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

AGAR SS

AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella

S.Paratyphi A

S. Typhi

AGAR XLD

TRIBU IV: CITROBACTEREAE

Prueba bioquímica

Citrobacter freundii

Movilidad

+

Manitol (fermentación)

+

Lisina decarboxilasa

-

ONPG

+

Citrato de Simmons

+

Rojo de Metilo

+

Voges- Proskauer

-

Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas:  H2S  Indol  Malonato (fermentación)  ODC  Adonitol (fermentación)  Melibiosa (fermentación)  Sacarosa  Dulcitol

Citrobacter spp

En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -

TRIBU V: KLEBSIELLEAE

GRUPO KES

Klebsiella

Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.

Pantoea agglomerans

Enterobacter aerogenes

Prueba bioquímica

E. cloacae

E. aerogenes

Movilidad

+

+

Lisina decarboxilasa

-

+

Arginina dehidrolasa

+

-

Serratia marcescens

D-xylosa(-) D-manosa (+)

(+) DNAsa

(-)

Prueba bioquímica

Serratia marcescens

Serratia liquefaciens

Arabinosa (fermentación)

-

+

Xilosa (fermentación)

-

+

Melibiosa (fermentación)

-

+

Rafinosa (fermentación)

-

+

Pigmento rojo

d

-

Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -

Hafnia alvei

ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-

TRIBU VI: PROTEEAE

Proteus

Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella

Test Bioquímicos

Proteusa

Providenciaa

Morganellaa

Citrato

V

+

-

Ferm de D- Manosa

-

+

+

Liquefacción de gelatina 22ºC

+

-

-

H2S en TSI

+

-

V

Ferm myo-inositol

-

V

-

Ornitina decarboxilasa

V

-

(+)

Swarmming

+

-

-

Hidrólisis de urea

+

V

+

a reacciones dentro de las 48 hs +: 90 – 100% de positivo (+): 75 – 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 – 10% de positivo

O’Hara y col Clin Microb Rev.2004.534-546

Proteus

TRIBU VI: YERSINIEAE Género: Yersinia

Prueba bioquímica TSI

Y.enterocolitica K/A sin gas SH2 -

Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días)

+

Lactosa (fermentación)

-

Fenil alanita deaminasa

-

Rammonsa (fermentación a 25ºC)

-

VP (22º-25ºC)

+

Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli

CPSID3

E.coli

VITEK

María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

El desafío de identificar correctamente Enterobacterias.

María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

CARACTERÍSTICAS • COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm • GRAM NEGATIVOS • NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES • FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS

TAXONOMÍA • SECCIÓN 5, 2da EDICIÓN BERGEY • 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES • CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS • ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S

Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas

Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia

PODER PATÓGENO • ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA • CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS • PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS • PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES

TIPIFICACIÓN • BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS • SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS

TIPIFICACIÓN

• FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli • PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS • GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.

Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag

Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis

AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MEDIOS COMUNES • MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES • INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS • CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.

AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. • MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo

¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?

Oxidasa

¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?

1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli

TSI

TRIBU I : ESCHERICHIEAE

Mac Conkey Sorbitol

Mac Conkey

¿Cómo diferenciamos Shigella de E.coli ? Pruebas

E.coli

Shigella

Indol

+ (96,3)

- ó + (37,8)

Lisina decarboxilasa

D (80,6)

- (0)

Ornitina decarbox. Lactosa

D (57,8)

- ó + (20)

+ (91,6)

- (0,3)

Acetato de sodio

+ (83,3)

- (0)

Gas de glucosa

+ (92)

- (2,1)

Motilidad

+ ó – (62,1)

- (0)

RM

VP

Diferenciación de Shigella

E.coli

Shigella

TSI

LIA Acetato

MIO

ONPG

Clasificación Serológica Especie

Serogrupo

Serotipo

S. dysenteriae

A

1- 12

S. flexneri

B

1- 6

S. boydii

C

1- 18

S. sonnei

D

1

TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica

E.tarda

Lactosa (fermentación)

-

SH2

+

Indol

+

Trehalosa (fermentación)

-

Manitol, sacarosa (ferm)

-

Arabinosa (fermentación)

-/+

Malonato (utilización)

-

Movilidad a 37ºC

+

Habitad

Hombre y animales

TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori

Salmonella enterica subesp. enterica (I)

Prueba bioquímica

Sal.subesp.(I)

Lactosa (fermentación)***

-

ONPG

-

SH2

+

Glucosa (fermentación)***

+/ con gas

Rojo de Metilo*

+

Voges – Proskauer*

-

Lisina decarboxilasa**

+

Ornitina decarboxilasa**

+

Arginina dehidrolasa**

+

Urea (hidrólisis)**

-

Malonato (utilización)*

-

Citrato Simmons**

+

*Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica

Salmonella entérica subesp.enterica(I)

Proteus mirabilis

SH2

+

+

Urea (hidrólisis)

-

+

Fenilalaninadeaminasa

-

+

Lisina decarboxilasa

+

-

Ornitina decarboxilasa

+

+

Lactosa (fermentación)

-

-

Dulcita (fermentación)

+

-

ONPG

-

-

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos

Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica

Salm entérica subesp.enterica(I)

Citrobacter freundii

SH2

+

+

Urea (hidrólisis)

-

d

Lisina decarboxilasa

+

-

Ornitina decarboxilasa

+

d

Lactosa (fermentación)

-

d

Sacarosa (fermentación)

-

d

Dulcita (fermentación)

+

d

Malonato (utilización)

-

d

ONPG

-

+

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones

Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 +

Pruebas bioquímicas

Salmonella entérica subesp. enterica(I)

E.Tarda

E.coli SH2+

Indol

-

+

+

Citrato Simmosns

+

-

-

Lisina decarboxilasa

+

+

+

Arginina dehidrolasa

+

-

-/+

Manita (fermentación)

+

-

+

Dulcita (fermentación)

+

-

+/-

Ramnosa (fermentación)

+

-

+

Xylosa (fermentación)

+

-

+

ONPG

-

-

+

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

AGAR SS

AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella

S.Paratyphi A

S. Typhi

AGAR XLD

TRIBU IV: CITROBACTEREAE

Prueba bioquímica

Citrobacter freundii

Movilidad

+

Manitol (fermentación)

+

Lisina decarboxilasa

-

ONPG

+

Citrato de Simmons

+

Rojo de Metilo

+

Voges- Proskauer

-

Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas:  H2S  Indol  Malonato (fermentación)  ODC  Adonitol (fermentación)  Melibiosa (fermentación)  Sacarosa  Dulcitol

Citrobacter spp

En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -

TRIBU V: KLEBSIELLEAE

GRUPO KES

Klebsiella

Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.

Pantoea agglomerans

Enterobacter aerogenes

Prueba bioquímica

E. cloacae

E. aerogenes

Movilidad

+

+

Lisina decarboxilasa

-

+

Arginina dehidrolasa

+

-

Serratia marcescens

D-xylosa(-) D-manosa (+)

(+) DNAsa

(-)

Prueba bioquímica

Serratia marcescens

Serratia liquefaciens

Arabinosa (fermentación)

-

+

Xilosa (fermentación)

-

+

Melibiosa (fermentación)

-

+

Rafinosa (fermentación)

-

+

Pigmento rojo

d

-

Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -

Hafnia alvei

ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-

TRIBU VI: PROTEEAE

Proteus

Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella

Test Bioquímicos

Proteusa

Providenciaa

Morganellaa

Citrato

V

+

-

Ferm de D- Manosa

-

+

+

Liquefacción de gelatina 22ºC

+

-

-

H2S en TSI

+

-

V

Ferm myo-inositol

-

V

-

Ornitina decarboxilasa

V

-

(+)

Swarmming

+

-

-

Hidrólisis de urea

+

V

+

a reacciones dentro de las 48 hs +: 90 – 100% de positivo (+): 75 – 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 – 10% de positivo

O’Hara y col Clin Microb Rev.2004.534-546

Proteus

TRIBU VI: YERSINIEAE Género: Yersinia

Prueba bioquímica TSI

Y.enterocolitica K/A sin gas SH2 -

Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días)

+

Lactosa (fermentación)

-

Fenil alanita deaminasa

-

Rammonsa (fermentación a 25ºC)

-

VP (22º-25ºC)

+

Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli

CPSID3

E.coli

VITEK

María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

El desafío de identificar correctamente Enterobacterias.

María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

CARACTERÍSTICAS • COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm • GRAM NEGATIVOS • NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES • FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS

TAXONOMÍA • SECCIÓN 5, 2da EDICIÓN BERGEY • 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES • CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS • ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S

Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas

Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia

PODER PATÓGENO • ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA • CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS • PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS • PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES

TIPIFICACIÓN • BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS • SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS

TIPIFICACIÓN

• FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli • PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS • GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.

Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag

Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis

AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MEDIOS COMUNES • MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES • INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS • CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.

AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. • MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo

¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?

Oxidasa

¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?

1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli

TSI

TRIBU I : ESCHERICHIEAE

Mac Conkey Sorbitol

Mac Conkey

¿Cómo diferenciamos Shigella de E.coli ? Pruebas

E.coli

Shigella

Indol

+ (96,3)

- ó + (37,8)

Lisina decarboxilasa

D (80,6)

- (0)

Ornitina decarbox. Lactosa

D (57,8)

- ó + (20)

+ (91,6)

- (0,3)

Acetato de sodio

+ (83,3)

- (0)

Gas de glucosa

+ (92)

- (2,1)

Motilidad

+ ó – (62,1)

- (0)

RM

VP

Diferenciación de Shigella

E.coli

Shigella

TSI

LIA Acetato

MIO

ONPG

Clasificación Serológica Especie

Serogrupo

Serotipo

S. dysenteriae

A

1- 12

S. flexneri

B

1- 6

S. boydii

C

1- 18

S. sonnei

D

1

TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica

E.tarda

Lactosa (fermentación)

-

SH2

+

Indol

+

Trehalosa (fermentación)

-

Manitol, sacarosa (ferm)

-

Arabinosa (fermentación)

-/+

Malonato (utilización)

-

Movilidad a 37ºC

+

Habitad

Hombre y animales

TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori

Salmonella enterica subesp. enterica (I)

Prueba bioquímica

Sal.subesp.(I)

Lactosa (fermentación)***

-

ONPG

-

SH2

+

Glucosa (fermentación)***

+/ con gas

Rojo de Metilo*

+

Voges – Proskauer*

-

Lisina decarboxilasa**

+

Ornitina decarboxilasa**

+

Arginina dehidrolasa**

+

Urea (hidrólisis)**

-

Malonato (utilización)*

-

Citrato Simmons**

+

*Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica

Salmonella entérica subesp.enterica(I)

Proteus mirabilis

SH2

+

+

Urea (hidrólisis)

-

+

Fenilalaninadeaminasa

-

+

Lisina decarboxilasa

+

-

Ornitina decarboxilasa

+

+

Lactosa (fermentación)

-

-

Dulcita (fermentación)

+

-

ONPG

-

-

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos

Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica

Salm entérica subesp.enterica(I)

Citrobacter freundii

SH2

+

+

Urea (hidrólisis)

-

d

Lisina decarboxilasa

+

-

Ornitina decarboxilasa

+

d

Lactosa (fermentación)

-

d

Sacarosa (fermentación)

-

d

Dulcita (fermentación)

+

d

Malonato (utilización)

-

d

ONPG

-

+

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones

Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 +

Pruebas bioquímicas

Salmonella entérica subesp. enterica(I)

E.Tarda

E.coli SH2+

Indol

-

+

+

Citrato Simmosns

+

-

-

Lisina decarboxilasa

+

+

+

Arginina dehidrolasa

+

-

-/+

Manita (fermentación)

+

-

+

Dulcita (fermentación)

+

-

+/-

Ramnosa (fermentación)

+

-

+

Xylosa (fermentación)

+

-

+

ONPG

-

-

+

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

AGAR SS

AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella

S.Paratyphi A

S. Typhi

AGAR XLD

TRIBU IV: CITROBACTEREAE

Prueba bioquímica

Citrobacter freundii

Movilidad

+

Manitol (fermentación)

+

Lisina decarboxilasa

-

ONPG

+

Citrato de Simmons

+

Rojo de Metilo

+

Voges- Proskauer

-

Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas:  H2S  Indol  Malonato (fermentación)  ODC  Adonitol (fermentación)  Melibiosa (fermentación)  Sacarosa  Dulcitol

Citrobacter spp

En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -

TRIBU V: KLEBSIELLEAE

GRUPO KES

Klebsiella

Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.

Pantoea agglomerans

Enterobacter aerogenes

Prueba bioquímica

E. cloacae

E. aerogenes

Movilidad

+

+

Lisina decarboxilasa

-

+

Arginina dehidrolasa

+

-

Serratia marcescens

D-xylosa(-) D-manosa (+)

(+) DNAsa

(-)

Prueba bioquímica

Serratia marcescens

Serratia liquefaciens

Arabinosa (fermentación)

-

+

Xilosa (fermentación)

-

+

Melibiosa (fermentación)

-

+

Rafinosa (fermentación)

-

+

Pigmento rojo

d

-

Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -

Hafnia alvei

ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-

TRIBU VI: PROTEEAE

Proteus

Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella

Test Bioquímicos

Proteusa

Providenciaa

Morganellaa

Citrato

V

+

-

Ferm de D- Manosa

-

+

+

Liquefacción de gelatina 22ºC

+

-

-

H2S en TSI

+

-

V

Ferm myo-inositol

-

V

-

Ornitina decarboxilasa

V

-

(+)

Swarmming

+

-

-

Hidrólisis de urea

+

V

+

a reacciones dentro de las 48 hs +: 90 – 100% de positivo (+): 75 – 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 – 10% de positivo

O’Hara y col Clin Microb Rev.2004.534-546

Proteus

TRIBU VII: YERSINIEAE Género: Yersinia

Prueba bioquímica TSI

Y.enterocolitica K/A sin gas SH2 -

Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días)

+

Lactosa (fermentación)

-

Fenil alanita deaminasa

-

Rammonsa (fermentación a 25ºC)

-

VP (22º-25ºC)

+

Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli

CPSID3

E.coli

VITEK

María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

El desafío de identificar correctamente Enterobacterias.

María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

CARACTERÍSTICAS • COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm • GRAM NEGATIVOS • NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES • FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS

TAXONOMÍA • SECCIÓN 5, 2da EDICIÓN BERGEY • 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES • CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS • ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S

Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas

Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia

PODER PATÓGENO • ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA • CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS • PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS • PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES

TIPIFICACIÓN • BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS • SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS

TIPIFICACIÓN

• FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli • PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS • GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.

Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag

Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis

AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MEDIOS COMUNES • MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES • INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS • CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.

AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. • MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo

¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?

Oxidasa

¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?

1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli

TSI

TRIBU I : ESCHERICHIEAE

Mac Conkey Sorbitol

Mac Conkey

¿Cómo diferenciamos Shigella de E.coli ? Pruebas

E.coli

Shigella

Indol

+ (96,3)

- ó + (37,8)

Lisina decarboxilasa

D (80,6)

- (0)

Ornitina decarbox. Lactosa

D (57,8)

- ó + (20)

+ (91,6)

- (0,3)

Acetato de sodio

+ (83,3)

- (0)

Gas de glucosa

+ (92)

- (2,1)

Motilidad

+ ó – (62,1)

- (0)

RM

VP

Diferenciación de Shigella

E.coli

Shigella

TSI

LIA Acetato

MIO

ONPG

Clasificación Serológica Especie

Serogrupo

Serotipo

S. dysenteriae

A

1- 12

S. flexneri

B

1- 6

S. boydii

C

1- 18

S. sonnei

D

1

TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica

E.tarda

Lactosa (fermentación)

-

SH2

+

Indol

+

Trehalosa (fermentación)

-

Manitol, sacarosa (ferm)

-

Arabinosa (fermentación)

-/+

Malonato (utilización)

-

Movilidad a 37ºC

+

Habitad

Hombre y animales

TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori

Salmonella enterica subesp. enterica (I)

Prueba bioquímica

Sal.subesp.(I)

Lactosa (fermentación)***

-

ONPG

-

SH2

+

Glucosa (fermentación)***

+/ con gas

Rojo de Metilo*

+

Voges – Proskauer*

-

Lisina decarboxilasa**

+

Ornitina decarboxilasa**

+

Arginina dehidrolasa**

+

Urea (hidrólisis)**

-

Malonato (utilización)*

-

Citrato Simmons**

+

*Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica

Salmonella entérica subesp.enterica(I)

Proteus mirabilis

SH2

+

+

Urea (hidrólisis)

-

+

Fenilalaninadeaminasa

-

+

Lisina decarboxilasa

+

-

Ornitina decarboxilasa

+

+

Lactosa (fermentación)

-

-

Dulcita (fermentación)

+

-

ONPG

-

-

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos

Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica

Salm entérica subesp.enterica(I)

Citrobacter freundii

SH2

+

+

Urea (hidrólisis)

-

d

Lisina decarboxilasa

+

-

Ornitina decarboxilasa

+

d

Lactosa (fermentación)

-

d

Sacarosa (fermentación)

-

d

Dulcita (fermentación)

+

d

Malonato (utilización)

-

d

ONPG

-

+

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones

Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 +

Pruebas bioquímicas

Salmonella entérica subesp. enterica(I)

E.Tarda

E.coli SH2+

Indol

-

+

+

Citrato Simmosns

+

-

-

Lisina decarboxilasa

+

+

+

Arginina dehidrolasa

+

-

-/+

Manita (fermentación)

+

-

+

Dulcita (fermentación)

+

-

+/-

Ramnosa (fermentación)

+

-

+

Xylosa (fermentación)

+

-

+

ONPG

-

-

+

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

AGAR SS

AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella

S.Paratyphi A

S. Typhi

AGAR XLD

TRIBU IV: CITROBACTEREAE

Prueba bioquímica

Citrobacter freundii

Movilidad

+

Manitol (fermentación)

+

Lisina decarboxilasa

-

ONPG

+

Citrato de Simmons

+

Rojo de Metilo

+

Voges- Proskauer

-

Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas:  H2S  Indol  Malonato (fermentación)  ODC  Adonitol (fermentación)  Melibiosa (fermentación)  Sacarosa  Dulcitol

Citrobacter spp

En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -

TRIBU V: KLEBSIELLEAE

GRUPO KES

Klebsiella

Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.

Pantoea agglomerans

Enterobacter aerogenes

Prueba bioquímica

E. cloacae

E. aerogenes

Movilidad

+

+

Lisina decarboxilasa

-

+

Arginina dehidrolasa

+

-

Serratia marcescens

D-xylosa(-) D-manosa (+)

(+) DNAsa

(-)

Prueba bioquímica

Serratia marcescens

Serratia liquefaciens

Arabinosa (fermentación)

-

+

Xilosa (fermentación)

-

+

Melibiosa (fermentación)

-

+

Rafinosa (fermentación)

-

+

Pigmento rojo

d

-

Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -

Hafnia alvei

ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-

TRIBU VI: PROTEEAE

Proteus

Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella

Test Bioquímicos

Proteusa

Providenciaa

Morganellaa

Citrato

V

+

-

Ferm de D- Manosa

-

+

+

Liquefacción de gelatina 22ºC

+

-

-

H2S en TSI

+

-

V

Ferm myo-inositol

-

V

-

Ornitina decarboxilasa

V

-

(+)

Swarmming

+

-

-

Hidrólisis de urea

+

V

+

a reacciones dentro de las 48 hs +: 90 – 100% de positivo (+): 75 – 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 – 10% de positivo

O’Hara y col Clin Microb Rev.2004.534-546

Proteus

TRIBU VII: YERSINIEAE Género: Yersinia

Prueba bioquímica TSI

Y.enterocolitica K/A sin gas SH2 -

Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días)

+

Lactosa (fermentación)

-

Fenil alanita deaminasa

-

Rammonsa (fermentación a 25ºC)

-

VP (22º-25ºC)

+

Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli

CPSID3

E.coli

VITEK

María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

El desafío de identificar correctamente Enterobacterias

María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

CARACTERÍSTICAS • COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm • GRAM NEGATIVOS • NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES • FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS

TAXONOMÍA • SECCIÓN 5, 2da EDICIÓN BERGEY • 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES • CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS • ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S

Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas

Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia

PODER PATÓGENO • ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA • CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS • PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS • PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES

Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis

TIPIFICACIÓN • BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS • SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS

TIPIFICACIÓN

• FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli • PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS • GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.

Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag

AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MEDIOS COMUNES • MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES • INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS • CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.

AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. • MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo

¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?

Oxidasa

¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?

1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli

TSI

TRIBU I : ESCHERICHIEAE

Mac Conkey Sorbitol

Mac Conkey

¿Cómo diferenciamos Shigella de E.coli ? Pruebas

E.coli

Shigella

Indol

+ (96,3)

- ó + (37,8)

Lisina decarboxilasa

D (80,6)

- (0)

Ornitina decarbox. Lactosa

D (57,8)

- ó + (20)

+ (91,6)

- (0,3)

Acetato de sodio

+ (83,3)

- (0)

Gas de glucosa

+ (92)

- (2,1)

Motilidad

+ ó – (62,1)

- (0)

RM

VP

Diferenciación de Shigella

E.coli

Shigella

TSI

LIA Acetato

MIO

ONPG

Clasificación Serológica Especie

Serogrupo

Serotipo

S. dysenteriae

A

1- 12

S. flexneri

B

1- 6

S. boydii

C

1- 18

S. sonnei

D

1

TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica

E.tarda

Lactosa (fermentación)

-

SH2

+

Indol

+

Trehalosa (fermentación)

-

Manitol, sacarosa (ferm)

-

Arabinosa (fermentación)

-/+

Malonato (utilización)

-

Movilidad a 37ºC

+

Habitad

Hombre y animales

TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori

Salmonella enterica subesp. enterica (I)

Prueba bioquímica

Sal.subesp.(I)

Lactosa (fermentación)***

-

ONPG

-

SH2

+

Glucosa (fermentación)***

+/ con gas

Rojo de Metilo*

+

Voges – Proskauer*

-

Lisina decarboxilasa**

+

Ornitina decarboxilasa**

+

Arginina dehidrolasa**

+

Urea (hidrólisis)**

-

Malonato (utilización)*

-

Citrato Simmons**

+

*Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica

Salmonella entérica subesp.enterica(I)

Proteus mirabilis

SH2

+

+

Urea (hidrólisis)

-

+

Fenilalaninadeaminasa

-

+

Lisina decarboxilasa

+

-

Ornitina decarboxilasa

+

+

Lactosa (fermentación)

-

-

Dulcita (fermentación)

+

-

ONPG

-

-

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos

Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica

Salm entérica subesp.enterica(I)

Citrobacter freundii

SH2

+

+

Urea (hidrólisis)

-

d

Lisina decarboxilasa

+

-

Ornitina decarboxilasa

+

d

Lactosa (fermentación)

-

d

Sacarosa (fermentación)

-

d

Dulcita (fermentación)

+

d

Malonato (utilización)

-

d

ONPG

-

+

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones

Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 +

Pruebas bioquímicas

Salmonella entérica subesp. enterica(I)

E.tarda

E.coli SH2+

Indol

-

+

+

Citrato Simmosns

+

-

-

Lisina decarboxilasa

+

+

+

Arginina dehidrolasa

+

-

-/+

Manita (fermentación)

+

-

+

Dulcita (fermentación)

+

-

+/-

Ramnosa (fermentación)

+

-

+

Xylosa (fermentación)

+

-

+

ONPG

-

-

+

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

AGAR SS

AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella

S.Paratyphi A ODC +

LIA -

ODC LIA +

S. Typhi

AGAR XLD

TRIBU IV: CITROBACTEREAE

Prueba bioquímica

Citrobacter freundii

Movilidad

+

Manitol (fermentación)

+

Lisina decarboxilasa

-

ONPG

+

Citrato de Simmons

+

Rojo de Metilo

+

Voges- Proskauer

-

Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas:  H2S  Indol  Malonato (fermentación)  ODC  Adonitol (fermentación)  Melibiosa (fermentación)  Sacarosa  Dulcitol

Citrobacter spp

En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -

TRIBU V: KLEBSIELLEAE Géneros: KES y Hafnia

GRUPO KES

Klebsiella

Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.

Pantoea agglomerans

Enterobacter aerogenes

Prueba bioquímica

E. cloacae

E. aerogenes

Movilidad

+

+

Lisina decarboxilasa

-

+

Arginina dehidrolasa

+

-

Serratia marcescens

D-xylosa(-) D-manosa (+)

(+) DNAsa

(-)

Prueba bioquímica

Serratia marcescens

Serratia liquefaciens

Arabinosa (fermentación)

-

+

Xilosa (fermentación)

-

+

Melibiosa (fermentación)

-

+

Rafinosa (fermentación)

-

+

Pigmento rojo

d

-

Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -

Hafnia alvei

ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-

TRIBU VI: PROTEEAE Géneros: Proteus, Morganella y Providencia

Proteus

Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella

Test Bioquímicos

Proteusa

Providenciaa

Morganellaa

Citrato

V

+

-

Ferm de D- Manosa

-

+

+

Liquefacción de gelatina 22ºC

+

-

-

H2S en TSI

+

-

V

Ferm myo-inositol

-

V

-

Ornitina decarboxilasa

V

-

(+)

Swarmming

+

-

-

Hidrólisis de urea

+

V

+

a reacciones dentro de las 48 hs +: 90 – 100% de positivo (+): 75 – 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 – 10% de positivo

O’Hara y col Clin Microb Rev.2004.534-546

Proteus

TRIBU VII: YERSINIEAE Género: Yersinia

Prueba bioquímica TSI

Y.enterocolitica K/A sin gas SH2 -

Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días)

+

Lactosa (fermentación)

-

Fenil alanita deaminasa

-

Rammonsa (fermentación a 25ºC)

-

VP (22º-25ºC)

+

Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli

CPSID3

E.coli

VITEK

María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

Para consultas y derivaciones Laboratorio Central de la Provincia de Córdoba Tránsito Cáceres de Allende 421- 5000 Córdoba Te: 0351- 4342452 Biología Molecular María Emilia Suárez [email protected] Cel: 0351-156347704

El desafío de identificar correctamente Enterobacterias

María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

CARACTERÍSTICAS • COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm • GRAM NEGATIVOS • NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES • FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS

TAXONOMÍA • SECCIÓN 5, 2da EDICIÓN BERGEY • 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES • CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS • ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S

Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas

Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia

PODER PATÓGENO • ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA • CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS • PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS • PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES

Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis

TIPIFICACIÓN • BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS • SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS

TIPIFICACIÓN

• FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli • PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS • GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.

Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag

AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MEDIOS COMUNES • MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES • INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS • CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.

AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN • MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. • MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo

¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?

Oxidasa

¿Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias?

1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli

TSI

TRIBU I : ESCHERICHIEAE

Mac Conkey Sorbitol

Mac Conkey

¿Cómo diferenciamos Shigella de E.coli ? Pruebas

E.coli

Shigella

Indol

+ (96,3)

- ó + (37,8)

Lisina decarboxilasa

D (80,6)

- (0)

Ornitina decarbox. Lactosa

D (57,8)

- ó + (20)

+ (91,6)

- (0,3)

Acetato de sodio

+ (83,3)

- (0)

Gas de glucosa

+ (92)

- (2,1)

Motilidad

+ ó – (62,1)

- (0)

RM

VP

Diferenciación de Shigella

E.coli

Shigella

TSI

LIA Acetato

MIO

ONPG

Clasificación Serológica Especie

Serogrupo

Serotipo

S. dysenteriae

A

1- 12

S. flexneri

B

1- 6

S. boydii

C

1- 18

S. sonnei

D

1

TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica

E.tarda

Lactosa (fermentación)

-

SH2

+

Indol

+

Trehalosa (fermentación)

-

Manitol, sacarosa (ferm)

-

Arabinosa (fermentación)

-/+

Malonato (utilización)

-

Movilidad a 37ºC

+

Habitad

Hombre y animales

TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori

Salmonella enterica subesp. enterica (I)

Prueba bioquímica

Sal.subesp.(I)

Lactosa (fermentación)***

-

ONPG

-

SH2

+

Glucosa (fermentación)***

+/ con gas

Rojo de Metilo*

+

Voges – Proskauer*

-

Lisina decarboxilasa**

+

Ornitina decarboxilasa**

+

Arginina dehidrolasa**

+

Urea (hidrólisis)**

-

Malonato (utilización)*

-

Citrato Simmons**

+

*Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica

Salmonella entérica subesp.enterica(I)

Proteus mirabilis

SH2

+

+

Urea (hidrólisis)

-

+

Fenilalaninadeaminasa

-

+

Lisina decarboxilasa

+

-

Ornitina decarboxilasa

+

+

Lactosa (fermentación)

-

-

Dulcita (fermentación)

+

-

ONPG

-

-

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos

Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica

Salm entérica subesp.enterica(I)

Citrobacter freundii

SH2

+

+

Urea (hidrólisis)

-

d

Lisina decarboxilasa

+

-

Ornitina decarboxilasa

+

d

Lactosa (fermentación)

-

d

Sacarosa (fermentación)

-

d

Dulcita (fermentación)

+

d

Malonato (utilización)

-

d

ONPG

-

+

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones

Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 +

Pruebas bioquímicas

Salmonella entérica subesp. enterica(I)

E.tarda

E.coli SH2+

Indol

-

+

+

Citrato Simmosns

+

-

-

Lisina decarboxilasa

+

+

+

Arginina dehidrolasa

+

-

-/+

Manita (fermentación)

+

-

+

Dulcita (fermentación)

+

-

+/-

Ramnosa (fermentación)

+

-

+

Xylosa (fermentación)

+

-

+

ONPG

-

-

+

+ 90% o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

AGAR SS

AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella

S.Paratyphi A ODC +

LIA -

ODC LIA +

S. Typhi

AGAR XLD

TRIBU IV: CITROBACTEREAE

Prueba bioquímica

Citrobacter freundii

Movilidad

+

Manitol (fermentación)

+

Lisina decarboxilasa

-

ONPG

+

Citrato de Simmons

+

Rojo de Metilo

+

Voges- Proskauer

-

Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas:  H2S  Indol  Malonato (fermentación)  ODC  Adonitol (fermentación)  Melibiosa (fermentación)  Sacarosa  Dulcitol

Citrobacter spp

En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -

TRIBU V: KLEBSIELLEAE Géneros: KES y Hafnia

GRUPO KES

Klebsiella

Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.

Pantoea agglomerans

Enterobacter aerogenes

Prueba bioquímica

E. cloacae

E. aerogenes

Movilidad

+

+

Lisina decarboxilasa

-

+

Arginina dehidrolasa

+

-

Serratia marcescens

D-xylosa(-) D-manosa (+)

(+) DNAsa

(-)

Prueba bioquímica

Serratia marcescens

Serratia liquefaciens

Arabinosa (fermentación)

-

+

Xilosa (fermentación)

-

+

Melibiosa (fermentación)

-

+

Rafinosa (fermentación)

-

+

Pigmento rojo

d

-

Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -

Hafnia alvei

ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-

TRIBU VI: PROTEEAE Géneros: Proteus, Morganella y Providencia

Proteus

Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella

Test Bioquímicos

Proteusa

Providenciaa

Morganellaa

Citrato

V

+

-

Ferm de D- Manosa

-

+

+

Liquefacción de gelatina 22ºC

+

-

-

H2S en TSI

+

-

V

Ferm myo-inositol

-

V

-

Ornitina decarboxilasa

V

-

(+)

Swarmming

+

-

-

Hidrólisis de urea

+

V

+

a reacciones dentro de las 48 hs +: 90 – 100% de positivo (+): 75 – 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 – 10% de positivo

O’Hara y col Clin Microb Rev.2004.534-546

Proteus

TRIBU VII: YERSINIEAE Género: Yersinia

Prueba bioquímica TSI

Y.enterocolitica K/A sin gas SH2 -

Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días)

+

Lactosa (fermentación)

-

Fenil alanita deaminasa

-

Rammonsa (fermentación a 25ºC)

-

VP (22º-25ºC)

+

Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli

CPSID3

E.coli

VITEK

María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

Para consultas y derivaciones Laboratorio Central de la Provincia de Córdoba Tránsito Cáceres de Allende 421- 5000 Córdoba Te: 0351- 4342452 Biología Molecular María Emilia Suárez [email protected] Cel: 0351-156347704