EXAMEN DU MODULE D’EPIDEMIOLOGIE MASTER ARSA. JANVIER 2016 Cette épreuve a une durée de 1h30. Les documents et calculatrices ne sont pas autorisés. Les téléphones portables doivent être éteints et rangés. Toute utilisation d’un document ou du téléphone portable pendant la durée de l'examen sera sanctionnée par la note 0/20. Les barêmes sont donnés à titre indicatif et sont susceptibles d’être modifiés.
PREMIERE PARTIE (13 POINTS)
Q1. Quelle est la particularité d’un réservoir d’une maladie? Q2. Citer les trois origines possibles de l’introduction d’une maladie dans un établissement. Q3. Donner 3 à 5 critères de causalité. Q4. Donner le nom d’un réseau de surveillance syndromique. Quel est le problème des données recueillies par un réseau syndromique ? S’agit-il de données d’incidence ou de prévalence ? Comment s’assurer, si on voit une augmentation progressive, qu’il y a une réelle aggravation de la situation ? Q5. Quelle est la différence entre période d’incubation et période latente ? Q6. Donner la définition du taux de morbidité, de létalité et de mortalité. Q7. Calcul coût sanitaire d’une maladie (Année de vie corrigée de l’incapacité). Une maladie peut évoluer dans 80% des cas vers une forme grave, dans 20% cas vers une forme bénigne. La forme grave dure 8 jours avec une sévérité de 0.6, la forme bénigne dure une journée avec une sévérité de 0.1. Quel est le coût en DALY de 1000 cas de cette maladie ?
Q8. Incidence et prévalence : D’après le schema ci-dessous, quelles sont (i) la prévalence en Janvier 1983,(ii) la prévalence au cours de l’année 1983 et (iii) l’incidence au cours de l’année 1983 ?
1
Q9. Interprétation de la courbe épidémique ci-dessous • S’agit-il de données d’incidence ou de prévalence ? • Que peut-on déduire de cette courbe sur les périodes d’incubation ? • Y a-t-il de la transmission secondaire ?
2
Courbe épidémique Q10. A partir du tableau ci-dessous, donner les formules littérales et numériques de la sensibilité, de la spécificité et de la valeur prédictive positive estimée à partir du tableau suivant sur 10 000 individus : Résultats examen
malades
Non malades
total
positifs
34
20
54
négatifs
116
9830
9946
150
9850
10000
Q11. Quelle est la différence entre prévalence réelle et prévalence apparente ? Q12. Quelles sont les deux phases de l’investigation d’une TIAC ? Q13. Quelles sont les deux type d’enquêtes que l’on doit mettre en place lors d’une TIAC (préciser prospective ou rétropective) ? Q14. Dans quelle unité est exprimée l’horloge moléculaire (clockspeed estimate) ? Q15. Comment interprétez-vous les longueurs A et B de cet arbre phylogénétique ?
3
Q16. Expliquer en 3-5 lignes, un exemple d’application des données de typage à l’épidémiologie. Q17. Que pensez-vous d’un arbre phylogénétique qui montrerait une corrélation de 0.2 entre distance génétique et distance au cas index (ou à sa racine) ?
DEUXIEME PARTIE (7 POINTS) EXERCICE 1
On souhaite étudier l’impact d’un nouveau traitement sur la mortalité néonatale. Pour étudier l’association entre décès d’un nourrisson et traitement, on relève pour 456 naissances tirées au hasard dans une région, quatre variables : • • • •
Dead : Mort néonatale: 1=oui, 0=non Treatment : traitement: 1=oui, 2=non Malpres : mauvaise présentation du fœtus au moment de l’accouchement : 1=oui, 0=non Birthwt : poids à la naissance en gramme
En analysant les données ainsi obtenues sous R à l’aide du package epicalc, on obtient les sorties suivantes :
1. Ecrire le modèle statistique utilisé pour lier Yi, la mort du nourrisson i (0 si non, 1 si oui) à la formation du personnel ? Détailler la distribution utilisée et expliciter les notations utilisées. 2. Quelle est la valeur de l’odds ratio brut associé au traitement ? Rappeler sa définition. Comment interprétez-vous l’effet du traitement ? 4
3. Expliquer pourquoi l’OR brut du traitement est différente de son OR ajusté. 4. Selon cette étude, le traitement est-il efficace ? Justifier.
EXERCICE 2
On s’intéresse au temps de survie des patients après l’opération d’un mélanome malin. K.T. Drzewiecki a collecté sur 205 patients dans l’hôpital universitaire d’ Odense University : • • • • •
No : code du patient Status : 1 : mort du mélanome, 0 : En vie Days : nombre de jour d’observation Ulc : ulceration présente :1,absente :2 Thick : épaisseur de la tumeur (1/100 mm)
•
Sex : sexe du patient femme: 1, homme:2
En tapant les commandes suivantes, on obtient le graphique ci-dessous :
1. Que représente le graphique ci-dessus ? 2. Comment interprétez-vous les sorties ci-dessous ?
5
6
